El plan de estudios cuenta con una estructura mixta a partir de un tronco común y tramos curriculares que dan énfasis en la formación para la investigación lo que se complementa con materias optativas y una estancia académica externa obligatoria de uno a seis meses de duración, en congruencia todo esto con el modelo académico de la UJED.
El eje transversal del plan de estudios está constituido por la investigación y en el plano vertical los valores que habrá de internalizar el alumno en su formación como investigador, principalmente en la dualidad teoría-práctica.