Durante el periodo de 2005 a 2009 se certifican once áreas estratégicas con la norma ISO 9001:2000 con un total de 154 procesos administrativos, se inició con Biblioteca Central Universitaria a las cuales se fueron incorporando otras áreas de la Administración Central. Por lo tanto, la Universidad contaba con 11 Sistemas de Gestión de Calidad certificados. 

En año 2017 se enfrentó una auditoría de transición con 6 Sistemas Certificados bajo la norma ISO 9001:2015, en el año 2019 se cambió de firma certificadora de ABS Group Services de México S.A. de C.V. a ARMS de México, S.A. de C.V. 

En el año 2020 se dio inicio al Programa de Reingeniería Institucional de los procesos académicos administrativos, con base en la nueva Estructura Orgánica de la Universidad y en los lineamientos establecidos en el Plan de Desarrollo Institucional (PDI 2018-2024).